رسالت اصلی سازمان نظام پزشکی صیانت از حقوق بیماران و اعضای سازمان می باشد و حفظ و ارتقای اخلاق پزشکی موجب تقویت اعتماد جامعه به اعضای جامعه پزشکی می‌شود.